Enda Pronat est une équipe avec un Secrétariat exécutif (Une Secrétaire exécutive, un Coordonnateur des programmes, une Chargée de suivi et deux agronomes), une équipe de communication , des chargés de projets et un dispositif d’intervention de terrain. Le dispositif opérationnel de terrain est composé de chargés de zone qui travaillent avec des animateurs recrutés dans les zones d’intervention et des chargés de thématiques transversales (genre, la biodiversité, la commercialisation, les énergies renouvelables, le foncier et l’éducation environnementale) qui appuient les différentes équipes de zones dans leur travail.